生信宝典视频教程（更新版）

想起生信宝典自开通以来，就致力于写最简单的教程，最直观整洁的排版方式，力求提供舒适的阅读体验，保证认真看完就可以操作。系列教程，最好从头开始看。从朋友们的关注量、阅读量来看，在一定程度上我们的努力是有效果的。

但毕竟知识是复杂的，环境是多样的，背景是不同的，学习是需要投入和成本的，所以即便我们认为比较基础的文章，也会有一些反馈说起某些地方没有说清楚。虽然有一些是动动手查一查或多读几遍、多试一下就可以解决的，但每次反馈，都会给已有的文档一次更新的机会，让它们变得越来越易懂，越来越完善。因此希望大家能多多反馈，共同提高生信宝典的文章水平和易读性。

东西越来越多，有些就不是几句话、几段文字可以说清楚的；尤其是操作类的东西，如果详细记述可能需要耗费太多文字，还有可能越说越不清楚；大片段的文字不要说学习，估计看都不想看了，所以还是利用下多图、动图和视频会更好一些。(所有蓝色字可点)

多图系列

有些操作类的内容，虽然没有录制视频，但几乎也是一步步截图出来的。绘图系列脚本和Linux学习系列，这已经是手把手系列了。

代表性多图文章如下所示，包括海哥和永鑫的傻瓜系列，癌症数据库的使用，分子对接，Cytoscape的使用等。

1. 来一场蛋白和小分子的风花雪月。这个本来应该录制视频的，尤其是可视化部分。但后来写了代码简化了操作，一个命令就可以获得对接结果的可视化效果并且找出结合的氢键、列出最近的残基，也就省去了操作过程。

2. Cytoscape之操作界面介绍。小慧慧倾力打造的入门教程，截图呈现Cytoscape的基本界面。及其详细，看完之后将对操作不再陌生。

动图系列

刚入门一种程序语言时，视频看下别人在什么地方下手写代码、如何运行代码是必要的。有图有真相，比怎么描述都更清晰、更直观。当然如果有你倾慕的师兄或师姐，Face to face的教一下更好了。

1. 不用Linux也可以的强大文本处理方法。这一篇本来用的动图，但上传总是失败，在最后关头又改成了截图。写一篇文章也不容易，除了构思、写作，还要面对腾讯的限制。点击原文可以看动图。这篇文章主要讲述了使用VIM在windows下也可以实现正则表达式的匹配、批量操作等繁琐任务。

2. Python学习 - 可视化变量赋值、循环、程序运行过程， 讲述了初学程序怎么理解变量的存储、交换、程序流控制等。
   

无声视频系列

无声视频，部分有字幕。

1. Python解析psiBlast输出的JSON文件结果。较早前录制的无声视频，主要展示了如何一步步解析JSON文件，也是python学习探索的一个小例子，适合读过并实践过 Python学习极简教程 （一） 系列文章 (共6篇，包含较多的生信相关练习题，入门Python的好帮手)有一定基础后观看。Python系列教程是我为内外培训专门设计的教程，以生物信息为背景，选取生信分析过程中常用到的分析操作和容易走入的误区做为12个练习题，分3个层析进行不断地强化训练，你值得拥有。

2. Cytoscape教程1。最早推出的Cytoscape教程，没有声音应该不是最大的槽点，因为附有详细的字幕。但视频质量不高，使得经常被吐槽。我后来也看过，看上去还是可以的。而且内容还是不错的，无论是基础操作，还是网络绘制、分组、上色，KEGG通路图绘制，涉及的内容比下一篇教程更多。这也是秉承不重复造轮子的后遗症，之前写过的做过的不想重复来重复去，每次都得搞点新意。所以这次视频中有的，下一篇文章涉及到的就比较少了。

3. 新出炉的Cytoscape视频教程。最新推出的Cytoscape教程，无声但是高清。除了弥补之前视频质量低的遗憾，更重要的是最近提供的服务中网络图绘制比较多，不断的操作又有了新的体会，两份教程最好互补着看。对自己的声音没自信，导致又出现了个视频半成品。以后有了新的操作心得，整合之前的再重新录制下。声音好的也欢迎跟我们联系，一起录制。

4. 文章用图的修改和排版(2)较早录制的修图、排版、绘制模式图的小动画。
   

有声视频

1. UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)。这个视频是舶来品，官方网站提供了YouTube的视频。我只是下载下来传到腾讯视频，避免了一些访问不了的操作。看完这个视频对UCSC XENA的操作一目了然，也让我意识到视频的巨大威力。以后应该对我们设计建设的网站或提供的结题报告，也都来一个视频教程，更清晰，更体贴。

2. 教师节献礼 - 文章用图的修改和排版。这是第一个公开的有声视频教程，录完也没敢仔细听，怕没自信继续录了。内容是关于文章图形排版的，涉及ggplot2出图后的修饰、基因组浏览器Track图的修饰等，宗旨是统一调整文字大小、图形的适配度，使得最后获得的拼图协调一致。上学时，录制过一个无声的操作视频，EXE格式，今天也看了下，也还挺不错的，内容比这个更多，也更详细，还列出了比较多的注意事项。因为当时一直在为文章准备图，操作比较多，尤其是一些非常规操作比现在熟练，选个黄道吉日也整理下分享出来。 在看过有声视频后，熟悉了操作；再看之前的无声视频，互补一下。 看完这两个视频之后，文章图片的排版将不会再有问题。

3. 英语写作常见错误总结和学习视频 作者分析了200篇国人提交的文稿，总结出常犯的错误，并给出解决方案。想起自己听过的斯坦福的写作视频，受益良多，分享给大家。
   

   培训系列

所有的视频教程也都上传到腾讯课堂 https://bioinfo.ke.qq.com (点击阅读原文) 涉及转录组、R绘图、Cytoscape操作、AI拼图、Python学习等，是假期充电的良品。

纪录片系列

这是友军公众号“宏基因组”提供的每周一部纪录片系列，都是很不错的片子。

1. 日本NHK的《生命大跃进》。讲述了通过高通量测序(NGS)等一系列技术研究近四十亿年间的生命进化历程。日剧女神新垣结衣也有加盟，剧中一人分饰姐妹两角。特效堪比《权力的游戏》，主演相当国内当红的-赵立颖，感觉值得学习一下。

2. 英国BBC的《人体奥秘》。有史以来第一次以如此清晰的方式，目睹胚胎在一个月到十星期过程中的面部形成过程，——直到这个过程结束胚胎的体积也还只有一颗菜豆那么大。不过，更令人震惊的或许是影片本身——在子宫中，人类的“变形”并不比什么科幻动画与电影作品中的机器人来得平淡。

3. 中国CCTV9的《法医密档》。除了“死亡时间”之外，还有如何确定“死者身份”、如何通过一滴干枯的血迹寻找凶手等等。节目在破解案件的同时，也在传递法医“为死者代言，为生者谋权”的职业精神。

4. 从生到死的全部秘密—人体内旅行 inside the living body。制作人员采用显微摄影技术、先进的医学技术和心脏断层(CT)显像技术，展现了从幼年、青年、成年到老年过程中，人体是如何运作、成长和成熟的。这是人一生从外部到内部的旅程，探讨了感官及其运作，大脑发育、消化系统、血液循环、细胞分裂、骨质的硬化和更换、身体死亡，等等。灵活的摄像机追踪了食物的消化过程(从嘴巴进入食道、胃、小肠、大肠、肛门)，以及血液循环系统(从心脏到静脉、微血管)和脂肪在腹部与肠道的聚集。还包括人生的许多选择，如锻炼、喝酒、抽烟、听嘈杂音乐、压力等是如何影响我们身体的功能和健康的。

5. 看完这部纪录片之后，我想把身上的细菌寄生虫供起来 和 一顿“寄生虫大餐”，或能治好干净引来的免疫病讲述了我们平常视为脏东西的菌其实对我们的生存和优质生活是有重要意义的，重新定义了什么是干净的环境。

6. 只要11天，浓度1000倍的抗生素也无效，“超级细菌”将成人类的最大威胁之一超级细菌是越来越受到重视的一个由于抗生素滥用带来的危害，然而我们对超级细菌又知道多少，仅仅停留在媒体的报道，还是看看这个视频好好了解下怎么应对吧。

7. 缅怀钟扬教授，2分钟视频回顾伟大植物学家钟扬对人类的贡献 一位伟大教授不幸倒在为人类寻找、留存种子的行程中，引起了更大范围的关注和思考。除了对逝者的惋惜，我们是否有必要对那些辛勤一生、为国为人的在世科学家给予更多的关注和关怀。
   

精品回顾

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